火箭队又一次出场，在小新的大针峰一发双针攻击，又一次被击飞不见人影了。又是一天新的开始，小新一群人走在茂密的森林。
小新一行迷了路，小智和小霞争吵了起来，又是喋喋不休的一天。走着走着遇到了一只走路草，小智和小霞争抢着要收费这只走路草，然而还是小霞争到了，小霞派出他的宝石海星，几下就把走路草打的失去战斗能力了，小霞刚准备丢精灵球过去，一只妙蛙种子用藤本把他打飞。
小新默默看着数据面板，看这又一个任务刷新了，挑战剩下的道馆，6个道馆没挑战成功就有一次抽奖。小新乐开了花。
看这妙蛙种子，小智收服精灵欲火变得热烈起来，小新一行人跟着妙蛙种子千辛万苦，还好有小新的比雕还有喷火龙平安的追逐的足迹。小智和小霞大意的落在妙蛙种子的陷阱里，小新放出比雕对着吊在树上的小智和小霞使出了钢翼，最后小智和小霞成功获救。小刚姗姗来迟。
小新来到森林的小木屋，遇到了一个漂亮大姐姐，小刚双眼爱心，想要跟着大姐姐谈恋爱。小新心想，小刚真是个舔狗，以后麻烦了。
大家一番自我介绍，原来木屋小姐姐叫做，小翠，这里的木屋是森林的疗养院，院子里很多受伤被抛弃的精灵，小翠负责照顾那些被抛弃的精灵。小新觉得这个叫小翠的大姐姐很有爱心，关键还是一个培育师，到时候自己的生态园很需要这种人才。
小新考虑等小智收服了妙蛙种子后，可以更这个小翠小姐姐聊一下，把这些精灵收服到自己的生态园去。下定决心的小新准备先赚到钱先弄一个培育店出来，先邀请小翠在培育店里面当一个店长。
小霞还是想收服走路草，在收服过程中，妙蛙种子觉得小霞会伤害走路草，妙蛙种子对着小智顶了过去，想把小新等人赶出这个森林疗养院。
就在这个时候，可恶又纠缠人的火箭队三人组又来了，经典台词还是不断。火箭队三人组用大功率吸力的机器抢夺在疗养院的精灵，小智看不下去，拼命保住妙蛙种子，小新放出喷火龙。
“去吧，喷火龙，使用火焰漩涡。”
火箭队又一次被击飞到了空中，妙蛙种子看这这个保护自己的训练家，心里有点感动。小翠也觉得小智是个好的训练家，小智后面用了皮克丘和妙蛙种子来了一场对战。最后小智终于收服了妙蛙种子了。
小新走到了小翠的旁边，表示想跟他聊一聊，小翠根小新来到了木屋不远的湖边。小新看着小翠说到。
“小翠姐姐，我想开一个培育屋，我想让你当店长，我把疗养院的精灵都收服送到大木博士那，以后我肯能要建立一个安全的精灵生态园。保护这些弱小的精灵健康成长。”
小翠也感觉这几个小弟弟很有责任感，很有爱心，欣然同意了。
小新现在就把背包里面月之石考虑给大木博士送去，想让他帮忙出售。根小翠姐姐约定好了打过枯木是市道馆就飞回真新镇去。顺便把疗养院里面的精灵一只不拉的收服了。就这样，小新几人的旅行继续开始了。
离开了疗养院后，小新几人又迷路了，遇到了一群烈雀群，然后遇到了一走走失的小火龙，其实小新心里清楚，这是被抛弃的小火龙，小智收服这只小火龙的心又一次激动了。
可惜小火龙不让小智收服，最后下着大雨，小新一群人跑进了一个旅店，在旅店里面听着旅店丢弃小火龙的训练家夸夸其谈，小新心里一直愤怒的火焰在燃烧，小智几人也是怒火狂烧。
小新刚想教训一下这个混蛋的时候，然而突然乔伊小姐出来阻拦了，小新等人怕小火龙有闪失，穿着雨衣跑去小火龙的所在地，正看到小火龙被一群烈雀攻击，小新放出比雕，使用钢翼就把烈雀赶走了。
小火龙被攻击的浑身是伤，小新等人有衣服包裹着小火龙跑去精灵医院治疗。小火龙治疗好了，资金又跑到原地等待。小智对小火龙还是念念不忘，准备回去找它。
就在这时火箭队又跳了出来，设计陷阱诱导小智等人，皮卡丘失误被抓，小新果断放出了喷火龙，一口喷射火焰把火箭队三人组再一次击飞了。
小火龙这个时候走了出来，小智三人爬出了陷阱，那个混蛋训练家大佑佑再一次出现在小火龙的眼前，大佑觉得小火龙有点长进，想把它带走，在小火龙内心的抉择霞，还是不跟这样的训练家走在一起，喷出了一口火花烤了一下大佑，大佑很生气，想要逼小火龙就范，小新，小智怎么可能让他成功呢。
“去吧，喷火龙，使用火焰漩涡。”
“去吧，皮卡丘，使用十万伏特。”
就这样小火龙跟在了小智身边，在准备进行枯叶市道馆赛，小新和小智辛勤锻炼自己和自己的小精灵。现在小新的喷火龙升到了58级，比雕63级，大针峰49级。小智的皮卡丘也45级了，比比鸟35级，巴大蝴38级了。其他精灵各有长进。
在继续枯叶市旅店路途里，遇到了喜欢恶作剧的杰尼龟军团。然后小新想到，小智哥哥就收服老大，其他杰尼龟我可以收服放在培育店里面繁殖啊。比较关东的御三家，还是很稀有的。再说用探测查询了，除了老大，其他几只都有道馆级的资质。如果收服对自己的培育店也影响很大。
杰尼龟跟皮卡丘对峙着，最后君沙小姐的警报声把杰尼龟吓跑了。君沙小姐随后就来，问了问情况，带着小新们来到了镇里面的警局，小新们了解到杰尼龟军团都是被抛弃的，对那些随便抛弃精灵的训练家狠着牙痒痒。
在外面观察小新们情况的火箭队被5只杰尼龟堵在草丛里。火箭队也不知道什么情况。最后被杰尼龟抢了午饭，喵喵用了诡计，取得杰尼龟的信任。潇洒的和杰尼龟处再了一起。
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